Sebagaimana haiwan mamalia lain, Cecadu Madu Bakau membiak dengan beranak. Di Malaysia, Start (1974) menggangarkan tempoh bunting bagi Macroglossus minimus adalah sekitar 120 ± 10 hari, penyusuan antara 60 hingga 70 hari dan Cecadu Madu Bakau betina polyoestrous dengan kala mengawan antara 140 hingga 160 hari. Di Negros, Filipina, Cecadu Madu Bakau betina kemungkinannya menghasilkan 2 hingga 2.5 anak setahun (Heideman 1987). Di tempat berlainan di Filipina dan Malaysia spesies ini membiak luar musim dan selaras dengan banyak makanan yang ada (Heideman 1987; Start 1974). Tiga Cecadu Madu Bakau betina ditangkap pada September dan Oktober di Pulau Lombok sedang menyusu dan kelahiran baru berlaku (Kitchener et al., 1990). Di Ampenam, Lombok, kelahiran berlangsung sepanjang tahun dan di Taman Suranadi Park Cecadu Madu Bakau betina bunting dan yang sedang menyusu ditangkap pada Ogos hingga sepanjang Oktober (Gunnell et al.1996). Cecadu Madu Bakau betina betina yang ditangkap oleh Lim et al. (1972) pada Jun di Sarawak sedang bunting. Di New Guinea, kelahiran berlaku sepanjang tahun (Flannery 1990). Gunnell et al. (1996) melaporkan kadar pertumbuhan lengan adalah 0.24 mm/sehari dan peningkatan berat 0.07 g sehari dan anak belum matang bebas terbang memiliki lengan 35.2 mm dan berat 8.6 g.

Tidak seperti C. brachyotis, spesies ini tidak direkod dalam kawasan, yang mencadangkan kumpulankecil atau kumpulan sosial bersendirian. Bunga bakau dan pisang merupakan sumber madu dan debunga yang dimakan oleh Cecadu Madu Bakau di Malaysia (Payne et al. 1985). Secara ekologi, Cecadu Madu Bakau memainkan peranan besar sebagai pendebunga kebanyakan pokok termasuk Bignoniaceae, Bombaceae, Leguminosae, Musaceae, Myrtaceae, Musaceae dan Sonneratiaceae di Semenanjung Malaysia (Start and Marshall 1976). M. minimus telah direkodkan di bakau persisiran, hutan dipterokarp, dan hutan montane rendah sehingga 1000 m (Payne et al. 1985). Ia memakan madu dan debunga. M. minimus turut ditangkap di Nypa dan paya bakau, ladang kelapa dan pisang, pinggir hutan dengan kelompok pisang dan kawasan pertanian tebang dan pindah.